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杂志文章 · 多尔市 ·

MEGA6:分子进化遗传分析6.0版
多村康一郎一号 ,格伦STEGER2 ,丹尼尔S彼得森2 ,艾伦菲力普斯基2 ,Sudhir库马尔2 ,Sudhir库马尔3 ·
东京大都大学 一号, 亚利桑那州立大学 2, King Abdulaziz大学 3
2013年12月01日 - 分子生物进化牛津大学出版社 - 卷号30,Iss:12,pp 2725-2729
TL;DR:先进版分子进化遗传分析软件目前包含构建序列对齐设施、推断遗传历史并进行分子进化分析,发布后可推导定时树,因为它执行RelTime法估计植物学中所有分支点差时
抽象性 :发布先进分子进化遗传分析软件,该软件目前包含构建序列对齐设施,推导遗传历史并进行分子进化分析版本6.0,MEGA现在允许时间树推理,因为它执行Reltime法估计分解时间MEGA6中一个新的时间树向导通过提供图形用户界面(GUI)逐步具体说明植物特征和校准约束来便利时间树推理版本还包含增强算法,以根据进化标准搜索最优树并实现更高级内存管理,该内存管理可比MEGA应用序列数据集大一倍GUI和命令线MEGA6可免费从 www.megasoftware.net下载

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杂志文章 · 多尔市 ·
MEGA7:分子进化遗传分析7.0版大数据集

[.]

Sudhir库马尔一号 ,格伦STEGER2 ,多村康一郎3 ·
King Abdulaziz大学 一号, 坦普尔大学 2, 东京大都大学 3
3月22日 2016年 - 分子生物进化
TL;DR:分子进化遗传分析软件最新版本包含许多精密方法与工具,用于植物学和植物医学,并优化用于64位计算系统分析大数据集
抽象性 :最新版分子进化遗传分析软件 内含许多精密方法工具 植物学和植物医学在这次大升级中,Mega优化使用64位计算系统分析大数据集betway亚洲研究者现在可以探索并分析Mega数以万计序列64位Mega由两个界面提供:图形和命令行图形用户界面(GUI)原生微软Windows应用程序,也可用于MacOSX命令行Mega可本地应用Windows、Linux和MacOSX设计用于高通量脚本分析两种版本均可免费从www.megaoware.net上获取

33048引用

Cites背景或方法从MEGA6:分子进化生成

  • . 最小和/或最大约束标定(Tamura等2013年 .

    [.]

  • . 分子进化基因分析软件正在应用到越来越多的数据集中(Kumar等1994年田村等2013年 .

    [.]

  • . Kumar等.10.1093/molbev/msw054MBEDow从 https/academic.oup.com/mb/article-astricte/33/7/1870/25790892013年 .

    [.]

杂志文章 · 多尔市 ·
Zika病毒与微晶

[.]

JernejMlakar一号 ,米沙科尔瓦一号 ,MatejaPoljšak-Prijatelj一号 ,Jerica Mraz公司一号 ,马尔科科伦茨一号 ,卡塔琳娜ResmanRus一号 ,蒂娜VesnaverVipotnik一号 ,维斯纳法比安一号 ,AlenkaVizjak一号 ,miroslav Petrovec一号 ·
卢布尔雅那大学 一号
2月10日 2016年 - 新英格兰医学杂志
TL;DR:剖腹产剖析剖析剖腹产和胎盘
抽象性 :2015年南美和中美洲及加勒比地区报告广泛传播Zika病毒与该感染相关的一个主要关注点是受ZIKV感染的母亲所生子微脑复发率明显增加本文描述孕妇在巴西居住前三个月末患发疹病案例超声波演练 29周编程显微分贝 与胎脑和胎盘中的计算母后请求终止妊娠后,进行了胎儿解剖观察到Micrentphaly(异常小脑),近全Agyria、Hydepharus和多焦分分积分白质胎脑组织反序状-聚合物链反应解析中发现ZIKV,并一致发现电子显微镜完全基因组ZIKV从胎儿脑中恢复

2 403引用

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SARS-COV-2使用人ACE2结构功能库

[.]

王智辉一号 ,延方张一号 ,百合武一号 ,上牛一号 ,上牛2 ,春里宋一号 ,春里宋3 ,增元张一号 ,广文路4 ,成浦桥一号 ,余湖市一号 ,余湖市5 ,高阳元6 ,王西增一号 ,万州一号 ,京华燕 ,建贤治一号 ·
中文科学院 一号, 山西农业大学 2, 安徽大学 3, 四川大学 4, 中国科技大学 5, 香港大学 6
5月14日 2020 - 单元格内
TL;DR:SARS-COV-2(SARS-coV-2-CTD)芯片与人ACE2相复合的晶体结构显示,该结构显示HACE2绑定方式总体上类似于SARS-COV观察方式
抽象性 :最近中国新科南病毒(SARS-COV-2)的兴起引起了重大的公共健康问题最近ACE2报告为SARS-COV-2的输入接收器在这次研究中,我们展示SARS-COV-2(SARS-COV-2-CTD)C端粒体结构,它与人ACE2(HACE2)复杂,显示HACE2绑定模式总体相似SARS-COV观察模式原子细节绑定界面显示SARS-COV-2-CTD关键残留替代略增强交互作用并导致感应器绑定性比SARS-RBD高单克隆抗体和多克隆抗体专门板无法与SARS-COV-S1/受体约束域互动,显示SARS-COV-2和SARS-COV-2在抗原性方面有显著差异。研究结果揭示病毒发源并提供有关开发治疗对策的重要结构信息

2 334引用

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每一个基础问题:评估小子单元RRNA入模并配有模拟群落、时间序列和全球场样本

[.]

阿尔玛E帕拉达市一号 ,大卫M尼德汉一号 ,JedA富尔曼一号 ·
南加利福尼亚大学 一号
5月01日 2016年 - 环境微生物学
TL;DR:显示除硅预测外,使用模拟群和田样本测试在素数选择中很重要,单错配可能强烈偏差放大,但即使是完全匹配素数也可以显示优先放大
抽象性 :摘微微量社区分析 通过高通量顺序放大 16S RRNA基因是一个基本微生物学工具515F-C515F806R高估SAR11或高估Gammaproteacteria公共海洋分类海洋样本和模拟群落(含11或27海洋16S克隆物)显示515F-Y替代素数(5+-GTGYGCCCGTAA)和926R(5+-CCGYCATYMTTATTTT)产生更精确的模拟群落丰度估计值,产生较长仿真数分解515F-C806RRRRRmock社区515F-Y926R生成近距离观察社区组成比预期数(r2=0.95),而515F-Y806RR515F-Y806R#0.5意外地,515F-Y/806R对SAR11现场样本(+4-10倍)的偏差比模拟社区强校正515F-C中Thaumarchaea表面丰度提高,但并不如使用926R806R浮游生物样本富含eukaryti单不匹配可强烈偏差放大,但即使是完全匹配素数也可显示优先放大显示除硅预测外,用模拟社区测试和现场样本对素数选择很重要

2 077引用

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细菌变异和相仿Poly(evene Terephtalate)

[.]

昌介吉田一号 ,和美一号 ,东希子竹田 ,井口市口一号 ,广野山地一号 ,安家道Mea ,京都Toyohara ,健二宫本2 ,木村佳春一号 ,高平小田一号 ·
京都理工学院 一号, 基欧大学 2
3月11日 2016年 - 科学类
TL;DR:论文发现新细菌Ideonellasaiensis 201-F6能够使用PET作为其主要的能源和碳源,产生两种能解水PET和反应中间二二环乙酸酶
抽象性 :Poly(enetephthalate)(PET)在全世界广泛用于塑料产品中,环境积聚已成为全球关注的问题。因酶降解PET能力被认为限于少数真菌种,生物降解尚非可行的补救或回收策略通过筛选自然微生物社区接触环境PET,我们隔离小细菌Ideonellasaiensis 201-F6,它能够使用PET作为其主要的能量和碳源PET上生长时,该菌株产生二种酶,可水解PET和反应中间体二乙酸需要两种酶高效转换PET成两种环境友好单体-terephthalic酸和eneglycol

1 417引用

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MEGA5:用最大似然性、进化距离和最大解析法分析分子进化遗传

[.]

多村康一郎一号 ,丹尼尔S彼得森2 ,尼古拉斯彼得森2 ,格伦STEGER2 ,Masatoshi内3 ,Sudhir库马尔2 ·
东京大都大学 一号, 亚利桑那州立大学 2, 宾夕法尼亚州立大学 3
01Oct 2011年 - 分子生物进化
TL;DR:MEGA5中最新加法是最大似然分析汇编,用于推导进化树,选择最适代模型,推导祖先状态和序列,并逐站估计进化速率
抽象性 :分子序列数据比较分析对重构物种进化历史并推导决定基因和物种进化的有选择力量性质和范围至关重要分子进化遗传分析5版发布使用软件 开发在线数据库 建立序列对齐和植物化树 并使用进化生物信息学方法 基础生物学、生物医学和进化MEGA5中最新增加的集合最大似然值分析,用于推导进化树,选择最适代模型(核酸或氨酸),推导祖传状态和序列(加概率),并逐站估计进化速率在计算机模拟分析中,MEGA5中ML树推理算法优于其他软件包计算效率以及植物化树估计精度、替代参数和网站间速率变异MEGA用户界面现已增强活动驱动,方便初学者和有经验的科学家使用MEGA版本面向Windows平台,并配置后用于MacOSX和Linux桌面有效使用免费访问网站:http://www.megasoftware.net

39 110引用

MEGA6:分子进化基因.引用方法

  • . 算法模拟数据集测试(2011年)。 .

    [.]

  • . MEGA目前分两版分发:图形用户界面版带视觉工具探索数据分析结果命令线版(MEGA-CC)为迭接综合管道分析优化2012年 .

    [.]

  • . MEGA目前分两版分发:图形用户界面版带视觉工具探索数据分析结果命令线版(MEGA-CC)为迭接综合管道分析优化 .

    [.]

  • . 分子进化基因分析软件开发用于DNA和蛋白序列比较分析,旨在推导基因、基因组和物种随时间演化模式(Kumar等)(Kumar等)。1994年田村等2011年 .

    [.]

引用项 · 多尔市 ·
PAUP*

[.]

迈克尔P卡明斯
10月15日 2004年 - 生物信息词典和计算生物

18553引用

PAUP++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

[.]

公元前L.斯沃福
2001年1月01日

13011引用

杂志文章 · 多尔市 ·
MEGA3:分子进化遗传学分析和序列对齐综合软件

[.]

Sudhir库马尔一号 ,多村康一郎2 ,Masatoshi内3 ·
生物设计学院 一号, 东京大都大学 2, 宾夕法尼亚州立大学 3
元军 2004年 - 生物信息学简介
TL;DR:提供统计方法概述、计算工具以及数据输入目视探索模块和MEGA可获取结果
抽象性 :比较DNA和蛋白序列分析的理论基础牢固地建立于分子进化和人文遗传学中,在重构物种和多元子系进化历史、估计分子进化速率以及推导决定基因和基因组进化的选择性力量性质和范围方面发挥着中心作用。高通量排序技术开发以及新式统计计算方法使这些调查范围大为扩展方法需要易用计算机程序一种努力是制作分子进化遗传分析软件,重点是促进从进化角度探索和分析脱氧核糖核酸和蛋白序列变异MEGA3目前在第三大发布中包含自动人工顺序对齐设施、网络挖掘数据库、遗传树推理、进化距离估计和演化假设测试本文概述统计方法、计算工具、数据输入视觉探索模块和MEGA可获取结果

12 124引用

书本 ·
分子进化中立理论

[.]

木浦
1983年1月01日
TL;DR:论者讨论的中性理论表示,分子级进化变化的绝大多数不是达尔文选择引起的,而是选择中立变异随机漂移引起的,自那以来一直引起争议。
抽象性 :木村模图作为中立理论的创建者,拥有写这本书的独特条件。1968年他首次提出理论解释进化速率出奇高和分子级内大量特异性。 分子生物学新技术发现这些特异性理论-称分子级进化变化的绝大多数不是达尔文选择引起的,而是选择中立变异随机流出引起的-自那以来一直引起争议必威体育BW这本书首次综合处理这个题目,作者综合了大量材料-从历史视角到最近分子发现到精密数学论-均以最清晰方式展示

7874引用

相关论文(5)
邻接法:新方法重建植物化树

[.]

01JL 1987年 - 分子生物进化
纳鲁亚赛图 ,Masatoshi内
生物编辑器:95/98/nt窗口方便生物序列编辑器和分析程序

[.]

01一 1999年 - 核酸系列专题讨论会
托马斯A大厅
信差限值:用靴子套法

[.]

01JL 1985年 - 进化
约瑟夫费森斯坦
MUSCLE:高精度高通量多序对齐

[.]

3月01日 2004年 - betway亚洲核酸研究
罗伯特CEdgar编译
Clustal w:提高累进多序对齐的敏感度,方法包括顺序权重、定位差罚法和权重矩阵选择

[.]

11月11日 1994年 - betway亚洲核酸研究
朱莉D汤普森 ,德斯蒙德G希金斯 ,托比J吉布森