写者
Patrick O布朗市
其它属性 :加利福尼亚大学伯克利分校,霍华德休斯医学院,不细胞化
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生物类:Patrick Obetway亚洲Brown是加利福尼亚大学Davis的学术研究员betway亚洲作者为专题研究作贡献:Gene和Gene表达剖析作者 hindex共183份,共同撰写755份出版物,收到200985引用PatrickO前从属布朗大学Berkeley和HowardHughes医学学院
论文逐年发布
论文类
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斯坦福大学
一号
TL;DR:一组分析系统从脱氧核糖核酸微数混合产生全基因表达数据描述使用标准统计算法按基因表达模式相似性排列基因,发现萌发ycharomeces证明基因表达数据组高效并发已知相似功能基因组
抽象性 :一组分析系统从DNA微数混合产生全基因组表达式数据脱记使用标准统计算法按基因表达式相似性排列基因输出用图形显示,同时传递集群和底层表达式数据,为生物学家直观发现基因表达数据组高效聚合 已知相似功能基因 并发现人类数据中相似趋势因此全基因组表达式实验所见模式可互为预示表示细胞过程状态并发已知函数基因与稀奇或新奇基因的共同表达可能提供获取导出功能的简单方法,许多基因目前尚缺信息
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TL;DR:基因表达模式变换由来自42个不同个体的65个外科人类肿瘤标本组成,使用代表8 102人类基因的相补脱氧核糖核酸微数组描述特征,为每一种肿瘤提供特征分子画像
抽象性 :人类乳房肿瘤在自然历史和对处理响应方面各异。转录程序变异占人体细胞和肿瘤生物多样性的大部分信号传输和调控系统将信息从细胞特征转至环境状态,从而控制基因组中每一种基因表达水平基因表达模式特异性分布于一组65个外科样本中,由42位个人组成,使用代表8 102人基因的相补脱氧核糖核酸微数组这些模式为每一种肿瘤提供奇特分子画像20个肿瘤两次采样,前后16周doricin化疗,2个肿瘤配对同位病人的淋巴节点转移两种肿瘤样本中的基因表达模式几乎总比任何其他样本相似共表式基因集的变异可与生理变异的具体特征相关联肿瘤可分类为子类型,因基因表达模式的普遍差异而分辨
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TL;DR:局部先进乳腺癌患者子群分析未来研究显示,不同组别患者结果大相径庭,包括玄武子类预测差和雌性受体阳性组别结果大相径庭
抽象性 :研究的目的是根据从cDNA微数组衍生出基因表达模式变化对乳癌分类,并将肿瘤特征与临床结果相关联共85CDNA微数组实验代表78种癌症、3种纤维质组织以及4种正常乳组织通过层次聚类分析前文曾报告过,癌症可分类成玄膜类组、ERBB2超表达式组和基于基因表达式变异的正常像乳类组一种新发现是,先前特征的显性上下文/感知阳性集团可划分为至少两个子组,每个子组均配有特殊表达式剖面通过使用两种不同的基因组聚类证明这些子类型比较强健:首先,一组456cDNA克隆原选以反映肿瘤固有特性;第二组基因与病人结果高度相关局部先进乳腺癌患者子群分析未来研究显示,不同组别患者结果大相径庭,包括玄武子类预测差和雌性受体阳性组别结果大相径庭
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斯坦福大学
一号
TL;DR:开发出高容量系统,通过同时双色荧光混合监测多项基因表达方式,从而检测2微克全手机送文机生成的探针混合物稀有笔录
抽象性 :开发出高容量系统监测多项基因并行表达由高速机器人打印玻璃上补充式脱氧核糖核酸制作微数组用于测量相应基因的量化表达式小格式和高密度数组可使用2微li以同步双色荧光混合法对45个Arabidosi基因进行差分表达测量
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TL;DR:显示DLBCL患者基因表达多样性,明显反映肿瘤扩散率变化、宿主响应和肿瘤分治状态
抽象性 :12病理学和微生物学和13Diffuse大B细胞淋巴马最常用子型非Hodgkin淋巴马我们建议自然历史的这种变异性反映肿瘤中未被识别分子异质性使用脱氧核糖核酸微数组系统描述B细胞恶性学中的基因表达显示基因表达多样性 DLBCL病人, 明显反映肿瘤扩散率变化、宿主响应和肿瘤分治状态我们辨识出两种分子特征dLBCL模式,这些模式有基因表达模式表示B-Cell差异的不同阶段类型表示基因特征B细胞第二类表达式基因通常在试管激活外围血B细胞时导出('激活B类DLBCL's')。直方中心B类DLBCL总体生存率比主动B类DLBCL高得多基于基因表达式的肿瘤分子分类可识别先前未检测并具有临床意义子类癌症
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TL;DR:本文提到的2-DeltaC-T方法建议分析实时量化PCR实验中基因表达式相对变化,并显示该方法对实时量化PCR数据分析有用
抽象性 :两种最常用方法分析实时量化PCR实验数据为绝对量化和相对量化绝对量化确定输入拷贝数,通常是通过将PCR信号连接到标准曲线相对量化将处理组目标转录信号与非处理控制等另一个样本信号相联2(-DeltaDeltaC(T)方法)方便分析实时量化PCR实验基因表达法相对变化本报告的目的是介绍2-DeltaC-T方法的推理、假设和应用此外,我们介绍2-DeltaC(T)方法两个变式的推导和应用,这可能对实时量化PCR数据分析有用。
139 407引用
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斯坦福大学
一号
TL;DR:GeneOntology财团的目标是生成动态受控词汇库,可应用到所有eukaryotes
抽象性 :基因组测序清楚地表明一大部分基因说明核心生物函数由所有eukaryotes分享知识分享体中蛋白常传递给其他生物GeneOntology财团的目标是生成动态受控词汇库,可应用到所有eukaryotes为此,正在构建世界-Wide网站(http://www.geneontology.org)上可访问的三个独立词库:生物过程、分子函数和细胞组件
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TL;DR:GeneSet增富分析法(GESA)由作者讨论,侧重于基因集,即分享生物功能、染色体定位或规范的基因群
抽象性 :betway亚洲基因组全局表达分析已成为生物医学研究的例行工具,从这类信息提取生物洞察力仍然是一大挑战描述强分析法GeneSet浓缩分析解析基因表达式数据方法通过聚焦基因集获取力量,即分享生物功能、染色体定位或调控的基因群显示GSEA对数组癌症相关数据产生洞察力,包括白血病和肺癌值得注意的是,单元分析发现两项独立研究肺癌患者生存相似性微小时,GSEA揭示出多条常用生物路径GSIA方法嵌入免费软件包中,并存初始数据库1 325个生物定义基因集
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系统生物学学院
一号
TL;DR:数例剖面插件调查,包括寻找与基因表达式变化相关联的交互路径,研究细胞恢复所涉蛋白综合体脱氧核糖核酸,推理Halobctium综合物理/功能交互网络和详细随机基因调节模型接口
抽象性 :Cytoscape是一个开源软件项目,用高通量表达数据和其他分子状态将生物分子交互网络整合成统一概念框架并用蛋白质-蛋白质、蛋白-DNA和基因交互大数据库时,Cytuscape最强,人类和模型生物越来越多地使用这些数据库Cytoscape软件核心提供基础功能布局查询网络视觉整合网络表达式剖面图、pheno类型和其他分子状态并连接网络数据库函数注解核心通过直通插件架构扩展,允许快速开发更多计算分析和特征数例剖面插件调查,包括寻找与基因表达式变化相关联的交互路径,研究细胞恢复所涉蛋白综合体脱氧核糖核酸,推理Halobctium综合物理/功能交互网络和详细随机基因调节模型接口
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